window.open以外の方法で開いたウィンドウをwindow.closeで閉じるときに「ウィンドウは、表示中の…」というダイアログを出さずにウィンドウを閉じる。

将来にわたって問題ないのかどうかはあやしい。

window._close = window.close;
window.close = function() {
  (window.open('', '_top').opener = top)._close();
};

<a href="javascript:window.close();">閉じる</a>