window.open以外の方法で開いたウィンドウをwindow.closeで閉じるときに「ウィンドウは、表示中の…」というダイアログを出さずにウィンドウを閉じる。

将来にわたって問題ないのかどうかはあやしい。

サンプル

window._close = window.close;
window.close = function () {
  (window.open ("", "_top").opener = top)._close ()
};

<a href="javascript:window.close ();">閉じる</a>